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环境保护相关部负责排污许可制度的统一监督管理，制订相关政策、标准、规范，指导地方实施排污许可制度。省、自治区、直辖市环境保护主管部门负责本行政区域排污许可制度的组织实施和监督。
建设、运行、维护、管理国家排污许可证管理信息平台，各地现有的排污许可证管理信息平台应实现数据的逐步接入。在统一社会信用代码基础上，通过国家排污许可证管理信息平台对的排污许可证实行统一编码。
许可证办理条件和程序
排污单位应当在排放污染物前申领排污许可证。
申领排污许可证应当具备下列条件：
（一）建设项目环境影响评价文件经有审批权的环境保护主管部门批准或者按照规定重新审核同意；
（二）有符合国家和地方标准规定的污染防治设施和污染物处理能力。环境污染治理设施委托运营的，运营单位应当取得环境污染治理设施运营资质；
有效期限届满的处罚:
持证者在本条例规定时限之后申请延续排污许可证的，县级以上环境保护行政主管部门可以对其处五万元以下罚款。持证者在排污许可证有效期限届满30日后申请延续排污许可证的，主管环境保护行政主管部门不予受理，并按照本条例第三十五条（一）款处理。
企业排污许可证有效期届满未申请延续或者延续申请未经批准的，应立即停止排放污染物行为。如仍继续排放污染物的，或在此期间出现其他生态环境违规行为的，生态环境部门将依照有关法律法规进行相应处理。
若排污单位有下列情形之一的，应当重新申请取得排污许可证：
① 新建、改建、扩建排放污染物的项目；② 生产经营场所、污染物排放口位置或者污染物排放方式、排放去向发生变化；③ 污染物排放口数量或者污染物排放种类、排放量、排放浓度增加。
企业提供有关行政部门所需要的企业资料，包括工商执照、工程规划、环评报告、方案书、运行记录等,以及项目实施后履行的相关手续企业需要把各种环保文件、手续和排放情况材料齐备，然后提交相关环保管理部门，填写环保申报表。
环保管理部门对提交的申报材料进行审核。审核结果分为两种：符合排污证颁发条件，适合颁发排污证；不符合以上条件，予以驳回。